控制N109系統有如下三種方式:

通過USB電纜將PC直接連接至N109X

通過USB電纜將86100D主機直接連接至N109X（然后再可通過GPB或LAN來控制86100D）。

在自動測試系統環境中，控制N109系統的最簡單、最優先的方法是通過LAN將主測試系統PC連接至低成本的電腦上。 FlexDCA界面駐留在第二臺PC上。然后，第二臺PC通過USB連接至N109系統。這樣可以消除測試系統PC與N109X硬件間絕大多數的兼容性問題，并極大地簡化了從86100D系統轉換至N109X系統的工作。

N109系統及N1010A系統中標配了執行發射機一致性測試所需要的基本測量功能，例如眼圖模板、消光比和其他眼圖參數測量。為降低成本在N1090A中未提供86100的碼型鎖定功能，但可根據需要使用N1092/4選件PLK來添加。需要碼型鎖定的選件還包括:選件200（高級抖動分析）、選件201（高級波形分析）、選件300（高級幅度分析/RIN）、選件IRC（擴展光通道的工作范圍至±50％并以10和42Gb/s之間的任意數據速率創建參考接收機）和選件SM（Infinisim波形轉化軟件）。在單獨使用N1090A系統時，將不能支持這些需要用到碼型鎖定時鐘的測量。在用N1090A對脈沖（而非眼圖進行基礎示波器模式測量時，其可測范圍只限于持續時間小于2ns的碼型。